Việc xử lý nước thải được thực hiện trên vùng đất ngập nước dựa vào khả năng giữ các cặn nước ở trên mặt đất, nước thấm qua lớp đất ngập nước như đi qua lọc, nhờ có oxi trong các lỗ hổng và mao quản của lớp đất mặt, các vi sinh vật hiếu khí hoạt động phân hủy các chất hữu cơ nhiễm bẩn. Càng xuống sâu, lượng oxi càng ít và quá trình oxi hóa các chất hữu cơ nhiễm bẩn giảm dần. Cuối cùng đến độ sâu ở chỉ diễn ra quá trình khử nitrat.
Chức năng của đất ngập nước là: xử lý nước thải và cung cấp chất dinh dưỡng (N, P, K) cho hệ sinh thái rừng ngập mặn (với trường hợp nghiên cứu rừng ngập mặn như một hệ sinh thái đất ngập nước hoàn chỉnh).
Rừng ngập mặn
Trong hệ thống tự nhiên của rừng ngập mặn, quá trình lắng lọc, quá trình oxy hóa, tái tạo, và chất dinh dưỡng được tuần hoàn trong hệ thống bởi sự tương tác của đất, nước, thực vật, vi sinh vật, các quá trình này xảy ra với vật chất và năng lượng trong tự nhiên và giải quyết được một khối lượng nước thải rất lớn mà với hệ thống nhân tạo đòi hỏi phải có mức đầu tư cao và không bền vững.